미국 장로교회에서 파견된 선교사 JC 헤본(James Curtis Hepburn)이 일본에 기독교를 전도하는 뜻을 가지고 부인과 함께 일본을 방문한 것은 1859년(안정 6년) 10월이었습니다. 이윽고 헤본학원에서 공부하고 있던 청년들을 중심으로 교회 설립의 기운이 일어나 1874년(메이지 7년) 9월 13일, 미국 장로 교회의 선교사 헨리 루미스를 초대 목사로 설립된 것 이 교회입니다.
2000년 12월에는, 창립 125주년 기념 사업의 하나로서 스위스/마티스사의 파이프 오르간이 설치되었습니다.
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