アメリカ長老教会から派遣された宣教医J.C ヘボン（James Curtis Hepburn）が日本にキリスト教を伝道する志を持って夫人とともに来日したのは、1859年（安政6年）10月のことでした｡ やがてヘボン塾で勉強していた青年たちを中心にして、教会設立の気運が起こり、1874年（明治7年）9月13日、アメリカ長老教会の宣教師ヘンリー・ルーミスを初代牧師として設立されたのが当教会です｡
2000年12月には､創立125周年記念事業の一つとしてスイス／マティス社のパイプオルガンが設置されました｡
〈アクセス〉JR京浜東北・根岸線「関内駅」徒歩4分
